Durante el cierre del gobierno federal en octubre de 2013, la acumulación de sedimentos en el puerto de Astoria estuvo a tres pies de ser un problema grave. Si no hubiera sido por Jeff Merkley, el puerto podría haber tenido que aplicar restricciones de calado eliminando la capacidad del puerto para albergar graneleros, lo que resultó en millones de dólares en comercio perdido.
Astoria está acostumbrado a dragar su puerto (la acumulación de sedimentos se acumula rápidamente allí), pero el cierre detuvo el permiso de dragado en 2013, por lo que el director ejecutivo del puerto, Mike Weston, buscó la ayuda de Jeff. El personal del senador que no estaba suspendido en ese momento se comunicó con la Administración Nacional Oceánica y Atmosférica (NOAA) para defender el caso del puerto. Con el apoyo de Jeff, la NOAA pudo designar algunos recursos para completar su revisión, acercando al puerto a obtener la autoridad legal que necesitaba para dragar.
En diciembre, con otros permisos asegurados, el puerto aún necesitaba la autorización del Cuerpo de Ingenieros del Ejército de EE. UU. para el dragado de emergencia. Una vez más, el Sr. Weston solicitó la ayuda de la oficina de Jeff. Después de tres días y algunas llamadas telefónicas, el puerto finalmente recibió los permisos finales necesarios para dragar.
Con la crisis evitada, el puerto permaneció completamente abierto para servir como centro económico de la comunidad.